Jonathan Chevrier place les étudiants au centre de ses préoccupations en offrant des cours stimulants par l'utilisation de nombreuses stratégies pédagogiques.

Ses intérêts de recherche sont orientés vers la didactique sportive et de l'éducation physique. Il a effectué des travaux sur les contenus enseignés par des entraîneurs de volleyball de différents niveaux scolaires afin de les comparer avec les contenus recommandés du modèle de développement à long terme de l'athlète. Il a aussi mené des travaux sur les contenus enseignés par des éducateurs physiques du secondaire dans l'enseignement de sports collectifs en espace commun afin de les comparer aux exigences du Programme de formation de l'école québécoise.

Tout en continuant ses travaux en didactique, il s'intéresse aussi particulièrement à l'usage et à l'intégration du numérique par les enseignants d'éducation physique en collaboration avec la Chaire de recherche Kino Québec sur l'adoption d'un mode de vie physiquement actif en contexte scolaire située à l'Université de Sherbrooke. Il travaille également à l'amélioration des mécanismes des suivis de stage grâce au numérique, en collaboration avec l'équipe professorale du Département d'éducation physique de l'Université Laval.

Il dirige le LUNEPS (Laboratoire sur l’usage du numérique en éducation physique et sportive) situé au PEPS et utilise des approches de recherche collaboratives auprès de divers milieux afin de mettre de l’avant le virage numérique en EPS ainsi que de favoriser le développement des compétences numériques des étudiants et enseignants. À l’aide du LUNEPS, il accompagne des étudiants, des étudiants gradués et des enseignants sous les thématiques de formation et de recherche incluant l’usage du numérique en EPS, les technologies liées aux jeux augmentés et à la réalité virtuelle en plus des enjeux éthiques et moraux reliés à l’utilisation des technologies éducatives en contextes scolaire et sportif.